Dimulai dari seorang Wanita yang memilih menyembunyian pernikahannya dengan Yaqzan yang telah dikaruniai seorang putra bernama Hayy. Setelah menyusui Hayy, dia meletakkannya ke dalam kotak dan membuangnya ke sungai yang membawanya ke pulau yang tak berpenghuni.
Seekor kijang betina yang baru saja kehilangan anaknya mendengar tangisan Hayy. Kijang menyusui Hayy, menjaganya dari hal-hal yang berbahaya dan merawatnya. Hayy belajar meniru pola hidup hewan-hewan yang bersamanya. Hayy menutup tubuhnya dengan dedaunan setelah menyadari bahwa tubuh hewan-hewan tersebut tertutup dengan rambut atau bulu.
Kijang betina yang dianggap Hayy sebagi ibu yang melahirkannya mati di usia Hayy 7 tahun. Hayy mengubah kehidupannya dari sebuah ketergantungan menjadi sebuah eksplorasi dan penemuan. Dalam usaha untuk mengetahui alasan kematian kijang. Sebuah alasan yang tak bisa dijelaskan hanya dengan mengamati penampilan fisiknya saja. Dia membelah si kijang dengan batu yang tajam dan buluh kering.
Dia menyadari bahwa setiap organ tubuh mempunyai fungsi yang wajar dan terlihat di sebelah kiri lubang jantung yang kosong. Dia menyimpulkan bahwa sumber kehidupan pasti berada di lubang tersebut dan pasti telah ditinggalkannya. Dia merenungkan bagian penting tersebut yang berhubungan dengan tubuh, sumbernya, tempat dimana bagian penting tersebut telah pergi, cara kepergiannya, dan lain sebagainya. Dia menyadari bahwa bukan tubuhnya tapi entitas vital dari kijang dan sumber tindakannya.
Dengan kesadaran tersebut dia kehilangan ketertarikan terhadap tubuh kijang yang kemudian ia lihat hanya sebagai sebuah alat. Selama dia belum dapat menguraikan entitas vital ini, dia menyelidiki bahwa bentuk semua kijang sama dengan bentuk ibunya. Dari sini dia berkesimpulan bahwa semua kijang telah diatur oleh sesuatu yang sama dengan entitas vital yang mengatur kematian ibunya.
Setelah penemuannya tentang kehidupan, dia menemukan api. Menyadari bahwa berkebalikan dengan obyek-obyek alami lainnya yang bergerak kebawah, api bergerak keatas. Ini mengindikasikan bahwa hakikat dari api berbeda dengan obyek-obyek alami lain. Dia terus menyelidiki bagian lain dari alam: organ binatang, penyusunannya, jumlah, ukuran dan posisi serta kesamaan kualitas yang dimiliki binatang-binatang, tumbuh-tumbuhan dan benda-benda tak bergerak yang sangat tepat setiap bagiannya.
Lewat penalarannya, dia memahami konsep materi-bentuk, sebab-akibat & kesatuan-keragaman. Dia berkesimpulan bahwa alam semesta adalah satu meskipun itu memiliki beberapa obyek. Dia pindah ke pertimbangan apakah alam semesta diciptakan atau abadi?. Lewat penalaran yang sangat rumit, dia berkesimpulan ada pencipta diatas segala itu terlepas dari ruang dan waktu. Dia juga menyimpulkan bahwa obyek dalam dirinya yang memahami penyebab ini juga bersifat non-fisik. Semakin dilepaskan obyek non-fisik dalam dirinya yang berasal dari kesadaran panca indera, semakin dekat kemampuannya untuk melihat penyebab ini.
Di pulau sebelah, sekelompok orang termasuk sang raja, Salaman, mempraktekkan sebuah agama yang masih menyiapkan misa-misa dengan simbol-simbol, bukan kebenaran secara langsung. Absal, teman Salaman, menyelidiki ritual dari agama ini tapi bertentangan dengan mereka yang mematuhi arti harfiah dari agama itu, dia menggali kebenaran sampai kedalam. Kecenderungan secara alami untuk menyendiri, seperti yang terdapat dalam perjanjian dengan kutipan-kutipan tertentu dari Kitab Suci,Absal pindah ke pulau dimana Hayy tinggal.
Absal bertemu dengan Hayy. Dia merasa takut sampai Hayy menjelaskan bahwa dia tidak mempunyai maksud jahat. Absal lalu mengajari Hayy bahasa manusia dengan menunjuk ke sebuah obyek sambil mengatakan kata-kata yang tepat untuk menggambarkannya. Dengan bahasa yang ia dapat, Hayy mampu untuk menjelaskan pada Absal tentang pengetahuan-pengetahuan yang didapatnya.
Mendengar hal tersebut, Absal menyadari bahwa apa yang telah disaksikan Hayy adalah kenyataan-kenyataan yang digambarkan dalam agamanya: Tuhan, malaikat, kitab suci, nabi, akhirat dan lain sebagainya. Ketika Absal membicarakan kebenaran-kebenaran dalam agamanya, Hayy juga menemukan kebenaran-kebenaran ini sesuai dengan apa yang telah dia ketahui. Akan tetapi, Hayy tidak dapat mengerti mengapa agama Absal menggunakan simbol-simbol dan membolehkan indulgensi dalam obyek-obyek material.
Hayy mengungkapkan ketertarikannya untuk mengunjungi pulau seberang untuk menjelaskan pada penduduknya tentang kebenaran yang sejati. Absal, yang tahu kondisi pulaunya, enggan untuk menemaninya. Berhadapan dengan kelompok yang paling cerdas di pulau tersebut, Hayy menunjukkan rasa hormatnya sampai dia mencoba untuk melampaui makna harfiah dari Kitab suci mereka.
Orang-orang mulai menjauhinya, mengalihkan perhatian mereka dari kabenaran dengan aktivitas perdagangan. Hayy kemudian mengerti bahwa orang-orang tidak mampu untuk memahami kebenaran sejati dan agama tersebut dibutuhkan untuk kestabilan sosial dan kemanan mereka. Kestabilan sosial dan keamana, akan tetapi, tak ada jalan keselamatan untuk mencapai kebahagiaan akhirat. Hanya obsesi ke-ilahian, yang langka dijumpai diantara orang-orang ini, yang dapat menyediakan jalan keselamatan kebahagiaan akhirat.
Sebaliknya, obsesi keduniaan yang dianut oleh sebagian bersar orang-orang ini akan membiarkan diri mereka berakhir dalam kegelapan atau neraka. Sementara kebenaran akal dan wahyu adalah sama, sebagian besar dari mereka mengikuti pilihan yang kedua, melakukannya untuk kesuksesan duniawi dan karenanya mengalami kesengsaraan akhirat.
Menyadari bahwa usahanya untuk memberikan pencerahan pada orang-orang ini hanya akan menurunkan stabilitas mereka tanpa mempersiapkan mereka untuk suatu kebahagiaan. Hayy meminta masyarakat untuk melanjutkan aktivitas agama mereka, memperingatkan mereka hanya terhadap kegemaran mereka terhadap hal-hal duniawi. Hayy dan Absal kemudian kembali ke pulau kosong untuk mempraktekkan ilmu mereka dalam keterasingan.
